梅毒は、感染したあと、経過した期間によって、症状の出る場所や内容が異なります。

感染後約１か月で、感染した場所（性器、肛門、口など）に、できもの、しこり、ただれなどができます。治療をしなくても症状は自然に軽快・消失しますが、ひそかに病気は進行します。

感染後３か月程度経つと、手のひらや足の裏など全身に発疹ができます。治療しなくても、数週間から数か月で症状は消えます。

感染後、数年程度経過すると、ゴム腫と呼ばれるゴムのような腫瘤（しこり）が皮膚や筋肉、骨などに出現し、周囲の組織を破壊してしまうことがあります。
また大動脈瘤（だいどうみゃくりゅう）などが生じる心血管梅毒や、精神症状や認知機能の低下などを伴う進行麻痺、歩行障害などを伴う脊髄癆（せきずいろう）がみられることもあります。
現在では、抗菌薬の普及などから、晩期顕性梅毒はまれであるといわれています。

妊娠している人が梅毒にかかると、胎盤を通して胎児に感染し、流産、死産となったり、子が梅毒にかかった状態で生まれる先天梅毒となることがあります。
感染した妊婦への適切な抗菌薬治療によって、母子感染するリスクを下げることができます。